ملاصدرا در روز نهم جمادی‌الاول سال ۹۷۹ قمری (هفدهم مهر ۹۵۰، ۱۵۷۱ میلادی)، در شیراز و در محله قوام زاده شد و او را محمد نامیدند. به روایتی پدر او خواجه ابراهیم قوام، مردی دانشمند و وزیر فرماندار پارس – محمد میرزا که بعدها به شاه محمد خدابنده معروف شد بود – و صدرالدین محمد تنها فرزند او بود.
ابراهیم قوام در آغاز، محمد کوچک را به مکتب‌خانه ملااحمد در محله قوام و به نزد ملااحمد برد. محمد دو سال در این مکتب‌خانه خواندن و نوشتن و قرائت قرآن را فراگرفت. سپس او را به یک معلم خانگی به نام ملا عبدالرزاق ابرقویی سپردند تا به محمد صرف و نحو بیاموزد.
دو پیشامد سبب وقفه در تحصیل محمد نوجوان شد، یکی وفات ملا عبدالرزاق ابرقویی بود که محمد نوجوان را در مرگ استاد خود سوگوار کرد و دیگر وفات شاه طهماسب یکم صفوی و به پادشاهی رسیدن شاه اسماعیل دوم صفوی که سبب ناامنی ایران از جمله شیراز گشت، و ابراهیم قوام از بیم جان خانوادهٔ خود را از شیراز به امیرنشین‌های جنوب خلیج فارس کوچاند.
پس از مرگ یا کشته شدن شاه اسماعیل دوم و با به فرمانروایی رسیدن شاه عباس یکم دوران هرج‌ومرج به پایان رسید و ابراهیم و خانواده‌اش به شیراز بازگشتند. محمد به فرمان پدرش به بصره رفت و در حجرهٔ بازرگانی شیرازی به نام یوسف بیضاوی که پدرش با او قرارداد بازرگانی بسته بود، به کار مشغول شد.
سه ماه پس از آن، ابراهیم قوام به دیار باقی شتافت و محمد سوگوار ناگزیر به شیراز بازگشت و به گرداندن حجره‌های بازرگانی پدرش پرداخت.
ملاصدرا در ۶ سالگی به همراه پدرش در پی شاه محمد خدابنده به قزوین پایتخت آن دوران صفویان رفت و دوران نوجوانی و جوانی اش را در آن سامان سپری کرد، او درمدرسه «التفاتیه» قزوین حجره‌ای داشت که هم‌اکنون نیز برای بازدید «طلبه‌ها» و «گردشگران» پابرجااست، سنگ بنای پیشرفت علمی او در حوزه‌های علمیه قزوین بود. در همان‌جا با شیخ بهایی و میرداماد آشنا شد و پس از انتقال پایتخت به اصفهان، با استادانش به اصفهان مهاجرت نمود. او در مدرسه خواجو اصفهان نیز از محضر درس استادانش شیخ بهایی، میرداماد (معلم ثالث) و میرفندرسکی بهره جست. ملاصدرا دروس فقه، علوم حدیث و تفسیر را از شیخ بهایی، حکمت الهی و حکمت شرق و غرب را از میرداماد و علم ملل و نحل را از میرفندرسکی آموخت.
به هر حال شاه عباس یکم در پایان سال ۹۹۹ هجری قمری (به روایتی ۱۰۰۶)،از قزوین به اصفهان نقل مکان کرد و این شهر را به پایتختی خویش برگزید. در بخش‌کردن میراث یکی از توانگران اصفهان، هوش، آگاهی و دانش ملاصدرا در مسایل فقهی بر شاه عباس آشکار شد و شاه تصمیم گرفت تا از مدرسه خواجه بازدید کند و با شیخ بهایی و ملاصدرا بیشتر آشنا شود.
ملاصدرا پس از کسب درجهٔ اجتهاد، به تدریس در مدرسهٔ خواجه پرداخت، اما از آنجایی که نظریاتش در برخی مسائل فقهی با بیشتر دانشمندان قشری اصفهان متفاوت بود، او را به بدعت‌گذاری در دین متهم ساختند و خواهان اخراج او از مدرسه و در نهایت تبعید او از اصفهان شدند. بدین سان ملاصدرا از اصفهان تبعید شد. او راه مورچه خورت را در پیش گرفت و از آن‌جا راهی کهک قم گشت. برخی از اتهام‌هایی که به وی می‌زدند در کتاب گفتگوی خرد آمده‌است.
ملاصدرا در دوران تبعید به حوزه‌هایی رفت اما به او اجازه نمی‌دادند. جلوی او را می‌گرفتند و او را مرتد می‌خواندند. ملاصدرا به چند سال در کهک قم و در تبعید زیست، اما هرگز کار تدریس و پژوهش را رها نکرد و در همان روستای کوچک و دورافتاده به برگزاری نشست آموزشی پیشی گرفت. آموزش‌های وی بیشتر دربارهٔ اندیشه‌ها و باورهای حکیمان و دانشمندان ایرانی مانند شهاب‌الدین سهروردی، ابن سینا و ابویعقوب الکندی و برخی از دانشمندان اندلسی همچون ابن عربی و ابن رشد بودند. به سخنی دیگر، او در این زمان به ریاضت و عبادت پرداخت و مدتی را نیز در شهر قم سپری نمود.
الله وردی خان حاکم ایالت فارس امپراتوری صفوی در زمان شاه عباس هنگام ساخت مدرسه خان در شیراز، ملاصدرا را که توسط علمای اصفهان تکفیر و در کهک قم تبعید شده بود به شیراز دعوت کرد. او نامه‌ای بدین مضمون به ملاصدرا نوشت:
«من نمی‌توانم به کهک بیایم تا بتوانم از محضر درس شما استفاده کنم و به همین جهت در شیراز بنای مدرسه‌ای را برای شما شروع کرده‌ام و همین که تمام شد اطلاع می‌دهم که بیایید و در این مدرسه تدریس کنید.»
الله‌وردی خان در وقف نامه مدرسه خان تصریح کرد که اختیار تدریس را به ملاصدرا واگذار می‌کنم تا اینکه هر درسی را که می‌خواهد در برنامه دروس مدرسه قرار دهد.
حکومت صفوی و در راس آنان شاه عباس تمایلی به تبعید ملاصدرا از اصفهان نداشتند و شاه عباس صفوی به اجبار علمای اصفهان به این کار تن داد. از این رو، الله‌وردی خان گرجی حاکم فارس، بر آن شد که برای این دانشمند در شیراز مدرسه‌ای ساخته و از او برای تدریس در این مدرسه دعوت کند. با پایان یافتن ساخت و ساز بخش مهمی از این مدرسه که بعدها به مدرسه خان نامی شد، الله‌وردی خان چشم از جهان بست و به دیار باقی شتافت. پس از او فرزند وی امام قلی خان که از دوستان دوران جوانی ملاصدرا بود پس از پدرش به حکومت فارس رسیده بود، پس از فتح هرمز و بیرون راندن پرتغالی‌ها از خلیج فارس، و در پی پیروزی حکم رفع تبعید ملاصدرا را از شاه عباس گرفته و ملاصدرا را به شیراز دعوت کرد.
درخشان‌ترین دوره زندگی ملاصدرا از لحاظ سودی که به جامعه رساند و طی آن دوره کتاب‌های فراوان و ارزشمندی نگاشت، دوره‌ای است که او پس از بازگشت از کهک در شیراز شروع به تدریس کرد.
ملاصدرا پس از بازگشت به شیراز، تدریس در این مدرسه نوساز را آغاز کرد. در این مدرسه افزون بر حکمت و فقه، ادبیات، اخترشناسی، ریاضیات، شیمی، معرفةالارض (زمین‌شناسی) و علوم طبیعی نیز تدریس می‌شد. اهمیت این مدرسه از مدرسه خواجه اصفهان نیز فزونی یافت.
الله‌وردی خان گرجی با این اقدام خود، دانشگاهی به مفهوم واقعی آن روز بنیان گذاشت، که در آن افزون بر حکمت، فقه، ادب، نجوم، علم حساب، هندسه، زمین‌شناسی، جانورشناسی، گیاه‌شناسی و شیمی تدریس می‌شد. ملاصدرا در پناه فرهنگ دوستی و آزاداندیشی الله وردی خان گرجی تألیفات فراوانی از خود بر جای گذاشت، اما مهم‌ترین حاصل عمر وی بنیاد نهادن حکمت متعالیه بود. بدین وسیله به عالم تشیع خدمتی عظیم نمود.
بنا بر مشهور ملاصدرا در سال ۱۰۵۰ قمری (۱۶۴۰ میلادی) درگذشته‌است، اما مطابق یادداشت‌های نوه او به نام محمد علم‌الهدی (فرزند فیض کاشانی)، سال صحیح درگذشت وی ۱۰۴۵ قمری (۱۶۳۵ میلادی) بوده‌است، و گسست ناگهانی و ناقص ماندن برخی نوشته‌های وی مانند تفسیر قرآن و شرح اصول کافی از (شیخ کلینی) در حدود سال ۱۰۴۴ قمری (۱۶۳۴ میلادی)، تاییدکننده این ادعاست.
وفات ملاصدرا در شهر بصره واقع شد ولی بنابر سنت شیعیان او را به شهر نجف بردند و بنابر گفته نوه وی، علم‌الهدی، او را در سمت چپ صحن حرم علی بن ابی‌طالب دفن نمودند. ویکی پدیا
اول خرداد «سالروز بزرگداشت ملاصدرا» نامیده شده است. مقاله‌ای از محمدرضا اسدی با عنوان «مرگ از منظر ملاصدرا» که در مجله‌ی قبسات منتشر شده، در پی خواهد آمد:
چرا مردان بیشتر از زنان احساس انزوا می‌کنند؟
بررسی کتاب «یادداشت‌های زیرزمینی» اثر «فئودور داستایفسکی»
بررسی سه مغالطه‌ی حال‌گرایی و نسبی‌گرایی اخلاقی
مهم‌ترین پروژه فکری فیرحی ناتمام ماند.
ما وارد تاریخ شده‌ایم و دیگر منتظر نمی‌مانیم که درباره ما بنویسند.
